gitにsshのオプションを渡すには、sshをラップしたスクリプトを用意して GIT_SSHで指定してやればいいらしい。

例えば、johndがjdoeというユーザ名でid_rsa_jdoeという鍵を使って loginしたい場合の準備：

% man ssh

% $EDITOR git_ssh_jdoe.sh

% cat git_ssh_jdoe.sh
#!/bin/sh
# git_ssh_jdoe.sh
exec ssh -o User=jdoe -o IdentityFile=/home/johnd/.ssh/id_rsa_jdoe "$@"
% 

% chmod +x git_ssh_jdoe.sh

使うときはGIT_SSHを指定してgitを実行する。

% GIT_SSH=git_ssh_jdoe.sh git fetch
Enter passphrase for key '/home/johnd/.ssh/id_rsa_jdoe':
...
%

参考：

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